San Juan Diego nació en 1474 en el "calpulli" de Tlayacac en Cuauhtitlán, estaba localizado a 20 kilómetros al norte de Tenochnitlán, México; establecido en 1168 por la tribu nahua y conquistado por el jefe Azteca Axayacatl en 1467. Cuando nació recibió el nombre de Cuauhtlatoatzin, que quiere decir "el que habla como águila" o "águila que habla".
Juan Diego perteneció a la más numerosa y baja clase del Imperio Azteca; según el Nican Mopohua, era un "macehualli", o "pobre indio", es decir uno que no pertenecía a ninguna de las categorías sociales del Imperio, como funcionarios, sacerdotes, guerreros, mercaderes, etc., ni tampoco formaba parte de la clase de los esclavos. Hablándole a Nuestra Señora él se describe como "un hombrecillo" o un don nadie, y atribuye a esto su falta de credibilidad ante el Obispo.
Se dedicó a trabajar la tierra y fabricar matas las que luego vendía. Poseía un terreno en el que construyó una pequeña vivienda. Más adelante, contrajo matrimonio con una nativa sin llegar a tener hijos.
Opción por Jesucristo Juan Diego antes de su conversión era un hombre muy devoto y religioso, -como lo testifica las Informaciones Guadalupanas de 1666-, esto lo ayudó a poder estar mejor preparado para que, entre los años de 1524 y 1525, realice una opción total por el Señor Jesús, bautizándose junto a su esposa; él recibió el nombre de Juan Diego y ella el de María Lucía. Fueron bautizados por el misionero franciscano Fray Toribio de Benavente, llamado por los indios "Motolinia" o " el pobre", por su extrema gentileza y piedad y las ropas raídas que vestía. De acuerdo a la primera investigación formal realizada por la Iglesia sobre los sucesos -las Informaciones Guadalupanas de 1666-, Juan Diego parece haber sido un hombre muy devoto y religioso, aún antes de su conversión.